Năm 1997, Sách đỏ IUCN đã nhận sự chỉ trích với lý do bí mật xung quanh các nguồn dữ liệu của nó.[22] Những cáo buộc này đã dẫn đến những nỗ lực của IUCN để cải thiện chất lượng tài liệu và dữ liệu của mình và đưa các đánh giá ngang hàng vào Sách Đỏ.[23] Một bài xã luận của Nature đã lên tiếng bảo vệ sự liên quan đến Sách đỏ vào tháng 10 năm 2008.[24]

Có ý kiến ​​cho rằng sách đỏ của IUCN và các công trình tương tự dễ bị chính phủ và các tổ chức khác lạm dụng để đưa ra kết luận không phù hợp về tình trạng môi trường hoặc ảnh hưởng đến khai thác tài nguyên thiên nhiên.[25]